La PCR est une méthode très sensible et spécifique permettant la détection directe d’agents infectieux. La PCR permet de multiplier et de détecter des segments génétiques caractéristiques des agents pathogènes concernés, y compris, le cas échéant, ceux de germes qui ne sont plus capables de se multiplier.
Le matériel à envoyer pour la PCR dépend essentiellement de l’agent pathogène à détecter et des symptômes ou de la question posée. Selon la propagation de l’agent pathogène dans l’organisme et son élimination, différents types de matériel sont appropriés.
Les agents pathogènes responsables d’une virémie, d’une parasitémie ou d’une bactériémie peuvent être détectés directement dans un échantillon de sang EDTA (EB) à ce stade de l’infection. L’héparine de lithium comme anticoagulant est moins appropriée, car elle peut inhiber la PCR. Pour les échantillons de sang, comme pour les autres échantillons liquides, une quantité d’au moins 0,2 ml est nécessaire.
Contrairement à l’examen bactériologique/mycologique culturel, il est recommandé d’utiliser des écouvillons stériles sans milieu de transport (frottis sans milieu (A), écouvillon sans milieu, écouvillon sec) pour les examens PCR. Lorsque la concentration en agents pathogènes est faible, les frottis réalisés dans un milieu peuvent entraîner des résultats faussement négatifs. Il y a quelques exceptions où un moyen de transport spécial est nécessaire. Les écouvillons peuvent être humidifiés avec une solution saline physiologique pour le prélèvement d’échantillons. Les cytobrushes (écouvillons à brosse) conviennent également aux tests PCR. Ils peuvent être envoyés dans un tube stérile non revêtu.
Pour détecter la présence d’agents pathogènes dans les selles, il faut des échantillons de la taille d’une noisette environ. Pour certains agents pathogènes (par exemple le coronavirus, Tritrichomonas foetus), nous recommandons de collecter des échantillons de selles pendant 3 jours, car ces agents pathogènes sont excrétés de manière intermittente dans les selles.
Les autres échantillons, tels que les biopsies cutanées, les tissus organiques, l’urine, le liquide synovial, le liquide céphalo-rachidien, la moelle osseuse et les ponctions ganglionnaires, doivent être envoyés dans des tubes stériles non revêtus pour les tests PCR. Les solutions de fixation telles que le formol ou autres peuvent entraîner une dégradation de l’ADN, une inhibition de la PCR et donc des résultats faussement négatifs.
En règle générale, les échantillons ne doivent pas être expédiés réfrigérés. Jusqu’à leur expédition, les échantillons peuvent être conservés au réfrigérateur entre 2 et 8 °C. Il faut absolument éviter les cycles répétés de congélation/décongélation.
Attention : il n’est pas possible de réaliser un antibiogramme après un test PCR.