Zahlreiche Säugetierarten sind empfänglich für dieses Virus. Klinisch relevant ist es vor allem beim Pferd (hier spricht man von der „hitzigen Kopfkrankheit“) und beim Schaf sowie bei Neuweltkameliden. Bei der Katze gilt nur ein Bornafall bestätigt, nachdem die staggering disease neuerdings dem Rustrela-Virus zugeschrieben wird.
Das Bornavirus hat einen ausgeprägten Neurotropismus und löst nicht eitrige Meningoencephalitiden aus, die mit Anorexie, Apathie, Somnolenz und multiplen neuronalen Ausfällen einhergehen. Tiere, die an der Bornaschen Krankheit leiden, entwickeln motorische Störungen und sind verhaltensauffällig. Bei Pferd und Schaf sind neben oben genannten Symptomen vor allem gesenkte Kopfhaltung, Absondern von der Herde, Leerkauen und Speicheln sowie im späten Stadium Festliegen und Ruderbewegungen beschrieben. Eine saisonale Häufung der Erkrankung von März-September ist bei Pferd und Schaf beschrieben.
Die Immunantwort ist oft gering bis gar nicht vorhanden, weswegen eine Diagnose über eine Antikörperbestimmung schwierig ist. Die Inkubationszeit ist unbekannt. Der Verlauf bei einer klinisch manifesten Infektion ist letal (Krankheitsdauer meist 1-3 Wochen). Auch klinisch inapparente Infektionen sind möglich. Beim Menschen endeten die durch das Bornavirus ausgelösten Encephalitiden bisher fast ausnahmslos tödlich.
Das Virusreservoir stellen Feldspitzmäuse dar. Diese sind symptomlos, aber lebenslang infiziert. Andere Säugetiere wie Pferde und Schafe sowie der Mensch können als Fehlwirte fungieren. Die Übertragungswege sind noch nicht gänzlich geklärt, wahrscheinlich erfolgt eine Infektion über die Nervenenden der nasalen und pharyngealen Mucosa. Nach derzeitigem Wissen scheiden Fehlwirte das Virus nicht aus. Natürliche Infektionen von Säugetieren durch Pferde, Schafe oder Menschen sind nicht nachgewiesen. Experimentell sind Infektionen von Pferd zu Pferd (Schaf zu Schaf, Katze zu Katze) möglich.